为适应新形势下高新技术企业发展，10月23日科技部、财政部、国家税务总局联合发布《高新技术企业认定管理办法征求意见稿》，于2016年正式实施。新版高新技术企业认定管理办法与2008版管理办法相比较，组织实施方式、专家评审、审查认定程序与现行高企认定程序更为匹配，认定条件、申报材料、税收优惠更具指向性，涉及多方面变化。具体变化如下：
一、认定条件
1.新办法要求“企业申请认定时须工商注册满一年以上”。
区别：新办法与2008版管理办法相比明确了企业工商注册满一年以上是以高企申请认定时为节点。
2.新办法要求“企业通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，获得对其主要产品(服务)在技术上发挥核心支持作用的知识产权”。
区别：新办法规定的知识产权不包含“通过5年以上独占许可方式”获得的知识产权，新办法已不认可通过独占许可的方式获专利为企业自主知识产权。同时，新办法取消了对知识产权“近三年”的限制。
3.新办法要求“企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%”。
区别：与2008版管理办法相比，新办法无研发人员占比要求，对科技人员的占比由2008版管理办法的“不低于30%”降为“不低于10%”，取消了学历要求，对科技人员的定义具体还要依据新版《高新技术企业认定管理工作指引》要求。
4.新办法要求“企业近三个会计年度的研究开发费用总额占同期销售收入总的比例符合如下要求：①最近一年销售收入小于2亿元(含)的企业，比例不低于4%;②最近一年销售收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%。”
区别：与2008版管理办法相比，新办法对研究开发费用占比做了较大调整，最近一年销售收入小于5000万的企业，研发费用占比由6%降为4%。
5.新办法要求“企业创新能力评价应达到相应要求”。
区别：新办法由原有的4个明确打分项变为“创新能力评价”，具体评价办法还要依据新版《高新技术企业认定管理工作指引》要求。
二 、申请材料
1.新办法规定提供“证明企业依法成立的相关注册登记证件”。
变化：2015年10月1日起，营业执照、组织机构代码证和税务登记证三证合一，新高企认定管理办法不再明确要求提供具体证件，未发生实质性变化。
2.新办法规定提供“企业高新技术产品(服务)的关键技术和技术指标，生产批文、认证认可和相关资质证书、产品质量检验报告等相关材料。”
变化：本条规定是由原办法中申请材料的第三条引申而来，更加明确了以上证明材料的指向性。
3. 新办法规定提供“经具有资质的中介机构出具的企业近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品(服务)收入专项审计或鉴证报告”。
变化：本条款新增了专项鉴证报告，鉴证报告由税务师事务所出具，新办法可能会将税务师事务所纳入中介机构范围内。
4.新办法规定提供“经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告(包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书)。”
变化：与2008版管理办法相比，新办法要求提供财务会计报告，根据审计要求，会计报告含：资产负债表、利润表、现金流量表、所有者权益变动表、会计报表附注，即“四表一注”，比原办法“三表”更全面。另外，新办法还新增加了“财务情况说明书”。
5.新办法规定提供“近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。”
变化：本条款为新加条款。2014年 11 月 3 日，国家税务总局发布 2014 年第 63 号公告，发布《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表(A 类，2014 年版)》。自2014 年企业所得税汇算清缴工作将启用该套申报表。其中，与高新技术企业相关的报表包括：“企业基本信息情况表”、“期间费用明细表”和“高新技术企业优惠情况及明细表”。
三 、复审程序
新办法与2008版管理办法相比，去掉了原办法第十二条、十三条中复审相关规定。
四 、年度监理
新办法与2008版管理办法相比，要求“企业获得高新技术企业资格后，应每年4月底前在‘高新技术企业认定管理工作网’填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况表”。新办法加强了过程监督管理，对累计两年未填报年度发展情况表的企业，认定机构取消其高新技术企业资格。
五 、税收优惠
新办法与2008版管理办法相比明确了税收优惠时间起点，是从高新技术企业证书颁发之日所在年度起享受税收优惠。另外，新办法对因为各种原因取消高新技术企业资格的企业，按《税收征管法》及有关规定，追缴其自发生上述行为之日所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠。
除此之外，新版管理办法在财务方面还有多处变化，具体变化及解读如下：
(一)降低研发费用的比例要求
新办法修改认定条件中研发投入的比例，要求“企业近三个会计年度(实际经营期不满三年的按实际经营时间计算)的研究开发费用总额占同期销售收入总的比例符合如下要求：①最近一年销售收入小于2亿元(含)的企业，比例不低于4%;②最近一年销售收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%。”
解读：新办法将“三档”降为“两档”，只以2亿元作为分界线，小于2亿元(含)为4%，2亿元以上为3%，将2亿元以下的统一为4%，取消6%的比例规定，此认定条件的修改，意在鼓励中小企业科技创新和发展，间接降低了认定标准，对于一些成立时间不长、规模较小、研发投入有限的企业来说，无疑是一个好消息。
(二)申请材料中明确“近三个会计年度的审计报告”中需要提供的资料
新办法规定提供“经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告”中要包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书。根据审计要求，会计报告含：资产负债表、利润表、现金流量表、所有者权益变动表、会计报表附注，即“四表一注”。同时，新办法新增“财务情况说明书”。
解读：新办法要求提供“四表一注”，比原办法“三表”更全面。新增“财务情况说明书”，使得专家在评审环节对企业的经营成果和财务状况有更深入的了解。