相邻碱基组分与产生SNP的转换或颠换在植物基因组中的研究

相邻碱基组分与产生SNP的转换或颠换在植物基因组中的研究

碱基替换突变是形成物种多态性和造成生物进化的根本原因之一.近年的研究表明:基因组的碱基组分在不同程度上与碱基替换突变的发生相关.以水稻全基因组3611007个SNPs(包括45462个编码区SNPs和242811个内含子区SNPs)和拟南芥全基因组32019个SNPs为研究对象,研究突变位点周围的碱基A&T(A和T)的使用频率和点突变类型的相关性,结果表明:水稻和拟南芥全基因组上转换和颠换的比值(Ts/Tv)以及紧邻突变位点(上下游各1个碱基)上A&T碱基的个数负相关.统计了6种SNP的AT2(直接相邻的碱基是A或T的个数)和AT0(直接相邻碱基是C或G的个数),发现水稻和拟南芥都是C/G型SNP的AT2/AT0值最大,说明C/G型SNP可能受直接临近区域上A&T碱基的影响最大.在水稻全基因组SNPs中,A&T碱基影响突变的范围局限在突变位点上下游2个碱基内.拟南芥A&T碱基影响其全基因组SNPs的范围不超过上下游4个碱基.

作 者： 赵辉 李启寨 李俊 曾长青 胡松年 于军   作者单位： 赵辉(中国科学院北京基因组研究所暨北京华大基因研究中心,北京,101300;中国科学院研究生院,北京,100039)

李启寨(中国科学院北京基因组研究所暨北京华大基因研究中心,北京,101300;中国科学院数学与系统科学研究院,北京,100080;中国科学院研究生院,北京,100039)

李俊,曾长青,胡松年,于军(中国科学院北京基因组研究所暨北京华大基因研究中心,北京,101300) 

刊 名： 中国科学C辑  ISTIC PKU 英文刊名： SCIENCE IN CHINA SERIES C:LIFE SCIENCES  年，卷(期)： 2006 36(1)  分类号： Q94  关键词： 点突变   单碱基多态性   替换   替换偏差   转换   颠换  

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