植物类金属硫蛋白半胱氨酸富含区结构的建模

植物类金属硫蛋白半胱氨酸富含区结构的建模

详细了解蛋白质的三级结构信息有助于理解其生物学功能.随着植物基因组研究的进展,已发现了50多个植物类金属硫蛋白(Metallothionein-Like, MT-L)基因.但至今只有少数几个MT-L蛋白得到了纯化,而其结构尚无报道,因此有必要建立分析这类蛋白结构特征的方法.本研究根据已知的哺乳动物MT的结构数据,分析得出了CXC、CXXC模式和金属-硫络合簇结构原子间的距离限制条件,并用距离几何算法计算得出预测蛋白可能的构象;然后通过统计分析筛选出目标函数值显著较小、构象能低的结构作为这些蛋白半胱氨酸富含区的预测结构,由此建成了适合于植物类金属硫蛋白半胱氨酸富含区的结构预测方法.从应用该方法正确地预测出了已知结构的蓝蟹MT的结构来看,该方法是可行的.并用该方法预测了油菜MT-L蛋白的半胱氨酸富含区的结构.

作 者： 何红珍 朱春明 吕暾 张日清 赵南明 刘进元   作者单位： 清华大学生物科学与技术系,生物膜与膜生物工程国家重点实验室,北京,100084  刊 名： 植物学报  ISTIC SCI 英文刊名： ACTA BOTANICA SINICA  年，卷(期)： 2002 44(10)  分类号： Q945  关键词： 植物类金属硫蛋白   半胱氨酸富含区   三级结构预测   距离几何算法   plant metallothionein-like protein   cysteine rich domain   tertiary structure prediction   distance geometry algorithm