预测酵母(Yeast)基因转录因子结合位点
基于在转录因子结合位点各碱基出现的概率不相同,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守程度为参量,分别计算每种转录因子结合位点在每一位置的碱基保守指数Mi.通过构建每种转录因子结合位点位置权重矩阵(PWM),利用位置权重矩阵打分函数对酵母四种转录因子结合位点进行预测.利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率.结果显示四种转录因子结合位点的预测成功率均超过80%,且同时获得多个试验未测定的转录因子结合位点,对实验有指导意义.
作 者： 杨科利 李前忠 林昊 YANG Ke-li LI Qian-zhong LIN-Hao 作者单位： 内蒙古大学理工学院物理系,呼和浩特,010021 刊 名： 内蒙古大学学报（自然科学版） ISTIC PKU 英文刊名： ACTA SCIENTIARUM NATURALIUM UNIVERSITATIS NEIMONGOL 年，卷(期)： 2006 37(5) 分类号： Q61 关键词： 转录因子结合位点 位置权重矩阵 碱基保守性指数