主景区黄龙沟，似中国人心目中“龙”的形象，因而历来被喻为“人间瑶池”、“中华象征”。在当地更为各族乡民所尊祟，藏民称之为“东日·瑟尔峻”，意为东方的海螺山(指雪宝山)、金色的海子(指黄龙沟)，并沿袭着一年一度盛况煊赫、波及西北各省区各族民众参加的转山庙会。
过渡状态的地理结构
黄龙在空间位置上处于单元间的交接部位。构造上它处在扬子准台地、松潘一甘孜褶皱系与秦岭地槽招皱系三个大地构造单元的结合部;地貌上属中国第二地貌阶梯坎前位，青藏高原东部边缘与四川盆地西部山区交接带;水文上为涪江、眠江、嘉陵江三江源头分水岭;气候上处于北亚热带湿润区与青藏高原一川西湿润区界边缘;植被上处于中国东部湿润森林区向青藏高寒高原亚高山针叶林草甸草原灌丛区过渡带;动物亦处南北区系混杂区。风景区内，又为东西向雪山断裂，虎牙断裂和南北向岷山断裂，扎尕山断裂，交叉切错，而且黄龙本部与牟尼沟景区在岩性、层序、沉积等古地理条件和地层构造、构造形迹上均有较大差异。这种空间位置的过渡状态，造成自然环境上的复杂性，蕴涵着不少未解之谜，为各学科提供了探索自然奥秘的广阔天地。
世界罕见的钙华景观
黄龙钙华景观，类型齐全，钙华边石坝彩池、钙华滩、钙华扇、钙华湖、钙华塌陷湖、坑，以及钙华瀑布、钙华洞穴、钙华泉、钙华台、钙华盆景等一应俱全，是一座名副其实的天然钙华博物馆。它规模巨大：黄龙沟连绵分布钙华段长达3600米，最长钙华滩长1300米，最宽170米;彩池数多达3400余个;边石坝最高达7.2米;扎尕钙华瀑布高达93.2米。这些都属中国之最，世界无双。它分布集中：在全区广阔的碳酸盐地层上，钙华奇观仅集中分布在黄龙沟、扎尕沟、二道海等四条沟谷中，海拔3000～3600米高程段。它过程完整：区内黄龙沟、二道海、扎尕沟分别处于钙华的现代形成期、衰退期和蜕化后期，给钙华演替过程的研究提供了完整现场。它组合精巧：在黄龙沟3600米区段内，同时组接着几乎所有钙华类型，并巧妙地构成一条金色“巨龙”，腾翻于雪山林海之中，实为自然奇观。
中国最东的冰川遗存
黄龙地区海拔3000米以上，广泛发育着清晰的第四纪冰川遗迹，其中以岷山主峰雪宝鼎地区最为典型。其特点是类型全面，分布密集，最靠东部。此区山高范围广，峰丛林立，单5000米以上高峰就达7座，其中发育着雪宝鼎(5588米)、雪栏山(5440米)和门洞峰(5058米)三条现代冰川，使此区域成为中国最东部的现代冰川保存区。主要冰蚀遗迹有角峰(分布于海拔4000米以上)、刃脊(3800米以上)、冰蚀堰塞湖(3900米以上)等;主要冰碛地貌有终质、中碛、侧碛、底碛等;分布于各冰川谷中，其中终债主要分布高程为3000～3100米、3550～3650米、3750～3850米。现代冰川和古冰川遗迹及其与钙华之间的关系等，均具有重要的科研价值。
典型而完整的高山峡谷江源地貌
黄龙地区地貌总体特征是山雄峡峻。其特点是，角峰如林，刃脊纵横;峡谷深切，崖壁陡峭;枝状江源，南直北曲。黄龙高程范围在海拔1700～5588 米，一般峰谷相对高差千米以上，3700～4000米以上多为冰蚀地貌，气势磅礴，雄伟壮观。黄龙多喀斯特峡谷，空间多变，崖峰峻峭，水景丰富，植被繁茂。依谷底形态分，有丹云喀斯特溪峡，扎尕钙华森林峡和二道海钙华叠湖峡等数种。黄龙境内涪江江源为一主干东西树枝状水系，上游河床宽平，下游峡谷深曲，南侧支流平直排列，北侧支流陡曲排列，形成上宽下深、南直北曲的独特江源风貌。
生物种质资源宝库
黄龙是天然植物种质资源的绿色宝库。区内有高等植物1500余种，大部分为中国特有种，属国家一至三类保护的植物有四川落叶松、眠山冷杉、独叶草、 星叶草等11种。许多植物具有重要的科研、药用和经济价值。
黄龙所处地理位置特殊，使之成为大熊猫等野生动物栖息和繁衍的理想地区，特点是珍稀动物品种多，南北动物混杂现象突出，还有当地特有种。其中有兽类 59种，鸟类155种，属国家一至三类保护的动物有大熊猫、金丝猴、牛羚、云豹、白唇鹿、红腹角难等近百种。南北动物混杂现象以山星鸟为突出，胸腺齿突赡等为当地特有种。对于“活化石”大熊猫生态的研究，有助于揭示自然生态的深层奥秘。
优质的矿泉水和温泉
黄龙矿泉水出露于牟尼沟景区。流量0.58升/秒，水温9.5～9.8℃，pH值6.3，矿化度1159毫克/升。经国家有关部门鉴定，为锶、二氧化碳优质天然饮用矿泉水。此外，牟尼沟景区二道海沟，还出露一温泉群，水温22℃左右，大泉喷出水柱高达30厘米以上，含硫(H2S)0.16毫升/升。