(二)组织结构和岗位设置不合理
目前，S公司有大大小小的部门多大20多个，部门之间相互交错，有些部门出于独立半独立状态，造成出现双重领导的局面，这对公司上下的执行力和效率产生了一定的影响，相关的责任和职责也很难分得清楚。另外，在岗位设置、人员配置方面存在严重的因人设岗，没有遵循公司的发展需要和人力资源规划。许多岗位没有经过分析和研究，直接简单、随意的命名、设立，需不需要、合不合理、岗位职责是什么、人员编制多少等等均没有认真、严格的研究过，多数是拍脑袋决定的，没有考虑人工成本和人力资源的优化配置，这对公司长远发展都是不利的。
(三)人员的选拔和任用存在不良局面
S公司目前的招聘渠道主要为两种，一种是通过内部员工的推荐，另一种是通过网络等进行外部招聘，但是，通过内部招聘的很少，限制了内部员工的流动，缺乏给员工施展才能和晋升的舞台，在一定程度上埋没了潜在的人才，影响员工的积极性。同时，过于依赖内部员工的推荐，会存在着这样一个问题，通过内部人员推荐的成功应聘的机会多大于通过外部招聘的，以至于形成了内部的员工多数都有亲戚或朋友在本公司里的局面。企业重视内部员工的推荐很重要，但是，这也就难免会在公司内部产生复杂的人际关系和裙带关系。在人员任用和选拔方面，关系至上、情大于法的不良事情也难免出现，这对制度化的管理多会带来不便，难以做到任人唯贤，公平、公正也很难把握，影响企业的创新和发展。
(四)员工的培训开发与职业生涯规划匮乏
可能有这样一种感觉，新进的员工对自己在公司的未来发展前景或者说晋升路径不是很清晰甚至是根本不了解，以至于看不到自己将来所要努力的方向和目标，在工作上也自然而然的缺乏工作热情和积极进取的信心，因此造成人员流失率会不断上升，员工对企业的忠诚度也会随之下降。
究其原因，这主要是因为公司重管理、轻开发，没有对员工做出一个清晰的职业生涯规划，员工的发展与培训也没有得到足够的重视。对于大多数的员工来说企业里的培训可能还仅仅是停留在企业文化培训、公司制度培训和岗前培训的层面，缺乏后续的培养和提升的空间。应该说目前企业不乏人才，能人也不少，但是企业提供给员工的却基本上是单一的工作和专业化晋升之路，走的是单一的发展通道。这样或多或少地减少了员工的职业攀升机遇，特别是使一部分行政人员和有一技之长的一线工人及其他有专业技术人员感到难有大的发展前途，进而影响了员工对企业的忠诚，也就造成了人才难招，人才难留的困难局面。(五)现代人力资源管理的工具没有充分利用
目前，S公司在人力资源管理这块用的是金蝶K3人力资源管理系统(以下简称K3)。它的主要功能有：(1)基础人事管理。包括组织规划、职员管理、查询报表、薪资核算、社保福利、考勤管理等管理模块;(2)专业人力资源管理。包括能力素质模型、招聘选拔、培训发展、薪酬设计、绩效管理等功能模块;(3)员工自助。提供分角色的CEO平台、经理人平台和我的工作台等功能管理模块。因此，可以利用K3的这些工具规范基础数据，理顺组织流程，围绕人力资源管理过程中的选、育、用、留四个阶段开展有效的管理工作，提升HR专业管理水平，达到提高工作效率的作用。
但是，目前公司没有把这个现代人力资源管理工具充分利用起来，除了一些基础的人事资料、员工合同等简单的录入系统中，很多人力资源管理的功能模块基本都是闲置的。在做人事报表、人员分析以及培训开发和招聘选拔方面没有利用各个模块的功能进行科学规范的管理，基本上还是靠EXCEL等基础办公软件来处理的，造成管理上有点混乱，也影响了工作效率。一方面是公司高层和主要负责人没有足够的重视，另一方面缺乏掌握K3系统使用的人才，人力资源部也没有专人负责各自模块的管理。
(六)日常人事管理的流程不规范
据这这段时间的实际操作，发现实际工作中一些人事变动的手续办理比较混乱，各部门人员不按规定办事时常发生。例如试用转正，按规定试用转正人员需在试用期结束前7天领取考核表，用人部门须在3天内作出评估并交至人力资源部。但是，往往会有很多部门或个人迟交转正申请，有的甚至会晚上半个月至一个月不能上交，到底是可以转正还是延期?人力资源部并不知情。严重的是，很多按规定时间已经晚交的申请，在上交时还是按照约定的转正时间，有的甚至还是提前转正，并不按照人力资源部经理签字为准。这样以来，无论他们什么时候交转正申请，都不会影响他们的转正时间，显然不是很合理的。此外，在转正考核评估方面并没有给出明确的规定，考评成绩多少分以上可以按期转正，多少分以上可以提前转正，低于多少分延期转正或者辞退。这样以来，最后的结果就是所有的人都可以按期甚至提前转正，考核的目的和作用也就失去了意义。
另外，按规定申请辞职的人员须提前15天通知用人部门，但在用人部门收到通知后却很少有及时反馈给人力资源部的，到人办理离职手续的时候，人力资源部才会知道这个人要走了，而且没有回旋余地了。整个过程中，人力资源部处在一个很被动的局面，最后只得签字同意。这对公司的人员规划、招聘工作等都带来麻烦和不利，无法及时有效地掌握人员信息，控制人才流失。