先把牛肉及牛骨头用清水洗净，然后在水里浸泡四小时（血水留下另用），将牛肉切开，和牛骨头、肥土鸡下入温水锅，等即将要开时撇去浮沫，加入调料，姜皮，盐放入锅里，小火炖4小时即熟，捞出稍凉后切成丁待用。牛肝切小块放入另一锅里煮熟后澄清备用。萝卜洗净切成片煮熟。蒜苗切末、香菜切末待用。
将肉汤撇去浮沫，把泡肉的血水倒入煮开的肉汤锅里，待开后撇沫澄清，加入调料粉，调料可根据南北各地不同饮食习惯而定，再将清澄的牛肝汤倒入水少许，烧开除沫，再加入盐、味精、熟萝卜片和撇出的浮油及葱油、面条下锅，面熟后捞入碗内，将牛肉汤、萝卜、浮油适量，浇在面条上即成。并以每个人的口味加上适量的牛肉丁、香莱末、蒜苗末及辣子油。特点肉汤清沏鲜美、面条筋柔、入味，营养丰富实惠。每碗面条2.5两加汤350-500毫升，视碗大小而定。
牛肉面的辅料也是调汤的一个重要组成部分。辅料萝卜片的做法：绿萝卜均按日需量购进，以免糠心。做法是先将萝卜洗净，去其毛根和头尾，切成长形或扇形的片，放入开水锅里焯一下，然后捞入冷水浸漂，再入牛肉汤里煮，这样可以去其异味，吃起来软硬适口。清汤牛肉面要达到色、香、味、形方面俱佳，一碗成功的牛肉面应该是一清（汤清）、二白（萝卜白）、三红（辣椒油红）、四绿（香菜、蒜苗绿）、五黄（面条黄亮）。马家大爷对牛肉面有严格的质量要求，用他的话说，就是“汤清亮，肉酥香，面韧长”。
在制作的过程中，需要用黄油将葱、蒜等爆香，这样香气才够。炒制时尽量用小火，以免食材变焦。煮制高汤的时候，还要加盖锅盖，用小火慢煮，以免汤汁蒸发太快。煮牛肉时，可先用筷子试牛肉软硬，酌情适当延长煮制时间。