肉苁蓉有很多种类，如果对此完全不同的话很有可能被商家欺骗的，所以稍微也要了解一点有关于肉苁蓉的鉴别方法。首先是那种沙漠中野生肉苁蓉，这种肉苁蓉是扁圆柱形，稍弯曲，颜色有灰棕色也有棕褐色，气味微甜，不过吃起来微苦。还有比如盐生肉苁蓉，这是一种呈圆柱形的肉苁蓉，表皮黄褐色，有一些不定式气孔，味道稍微有一些咸苦。
沙漠中野生肉苁蓉：呈扁圆柱形，稍弯曲，长3～5厘米，直径2～8厘米，表面棕褐色或灰棕色。密被覆瓦状排列的肉质鳞叶，通常鳞叶先端已断。体重、质硬，微有柔性，不易折断，断面棕褐色，有淡棕色点状维管束，排列成波状环纹。气微味甜、微苦。
饮片：呈横切的扁圆形或类圆形片，直径2-8cm，表面棕褐色或灰棕色，有的可见肉质鳞叶。切面棕褐色，有淡棕色点状维管束，排列成波状环纹，或排列成条状而散列。质硬有柔性，气微，味甜微苦。
管花肉苁蓉：呈扁圆柱形、扁纺锤形、扁卵圆形、扁圆形等不规则形，长6～8厘米，直径4～6.5厘米，表面红棕色、灰黄棕色或棕褐色，多扭曲。密被略呈覆瓦状排列的肉质鳞片，上部密下部疏、鳞片先端多已断落，残基部宽多在1厘米以上，整个鳞片略呈长三角形，高约1厘米。体重、质坚硬，无韧性，难折断，断面颗粒性，多呈灰棕色，有的外圈呈黑色硬胶质样。黑褐色点状维管束众多，不规则散在，有的有小裂隙。气微，味甜、微苦。
还有草苁蓉，这种肉苁蓉茎单一，挺直，暗黄褐色或褐色，有长绒毛，质地非常硬脆，很容易折断，味略淡。还有的比如说新疆莎东肉苁蓉，这一种就是一种呈扁圆锥状或者是纺锤形的肉苁蓉，质地很坚硬，不容易折断，味甜而微苦。