磁珠富集法开发北柴胡多态性简单序列重复标记
目的:利用磁珠富集法分离北柴胡微卫星序列,以开发北柴胡微卫星引物,获得有多态性的简单序列重复(SSR)标记.方法:用生物素标记的混合探针(AC)15、(AG)15、(MAB)12和两端连接已知序列人工接头的北柴胡基因组DNA酶切片段混和后与磁珠杂交,构建微卫星序列富集的小片段插入文库;利用接头引物分别与生物素探针引物Biotin-(AC)15、Biotin-(AG)15、Biontin-(MAB)12形成3个组合,用PCR方法对文库进行初步筛选;对可能的阳性克隆子进行测序复筛,选取微卫星侧翼序列足够长的序列设计引物,用荧光标记的基因分型技术以栽培柴胡种质为材料分析其多态性.结果:开发了5对多态性SSR标记,它们在5份柴胡栽培种质中共扩增出30.70个多态性等位基因,平均每条引物可以扩增出6.14个多态性等位基因;观察等位基因数最多13个,最少3个;有效等位基因数最多11.4个,最少1.6个.同时分析了4对EST-SSR引物,比较了2种SSR标记扩增结果.结论:磁珠富集法是开发柴胡多态性SSR标记的有效方法.
作 者： 陈怀琼 郑亭亭 魏建和 隋春 CHEN Huai-Qiong ZHENG Ting-Ting WEI Jian-He SUI Chun 作者单位： 中国医学科学院北京协和医学院,药用植物研究所,北京,100193 刊 名： 生物技术通讯 ISTIC 英文刊名： LETTERS IN BIOTECHNOLOGY 年，卷(期)： 2010 21(2) 分类号： Q75 关键词： 柴胡 简单序列重复 磁珠富集法 基因分型