Pathway Tools可视化分析水稻基因表达谱
后基因组时代的到来使基因转录组学、蛋白质组学和代谢组学等高通量、多层次的生物研究手段广泛应用于植物科学研究,从海量数据中有效挖掘必要的生物信息成为当今组学研究的瓶颈问题.RiceCyc(http://www.gramene.ors/pathway/)及其核心软件Pathway Tools是水稻代谢途径分析的有效工具.通过搜索TIGR(ht-tp://www.tigr.ors/tdb/e2k1/osal/)数据库.用Pathway Tools软件的omics viewer工具将耐盐品种FL478和其不耐盐亲本IR29在盐处理条件相对对照条件下的110个差异表达基因可视化展示在包含362条代谢途径信息的RiceCyc细胞代谢图上,从整体水平上分析了二者对盐胁迫反应的不同.结果表明,在相同的盐胁迫条件下,FL478相对IR29反应明显较快,前者中被诱导的代谢途径主要是能量循环过程如磷酸戊糖途径、糖酵解和三羧酸循环(TCA循环),以及核糖的分解、碳水化合物的利用途径;而后者中表达出现差异的基因主要涉及植物激素的生物合成,细胞结构组分代谢及次级代谢等途径;类黄酮合成途径在IR29中被明显诱导而在FL478中没有变化.
作 者： 张晓婷 谢荔岩 林奇英 吴祖建 谢联辉 ZHANG Xiao-ting XIE Li-yan LIN Qi-yiug WU Zu-jian XIE Lian-hui 作者单位： 张晓婷,ZHANG Xiao-ting(福建农林大学植物病毒研究所,福建省植物病毒学重点实验室,福建,福州,350002;河南农业大学植物保护学院,河南,郑州,450002)谢荔岩,林奇英,吴祖建,谢联辉,XIE Li-yan,LIN Qi-yiug,WU Zu-jian,XIE Lian-hui(福建农林大学植物病毒研究所,福建省植物病毒学重点实验室,福建,福州,350002)
刊 名： 激光生物学报 ISTIC 英文刊名： ACTA LASER BIOLOGY SINICA 年，卷(期)： 2008 17(3) 分类号： Q786 关键词： 水稻 基因表达谱 代谢途径分析 RiceCye数据库 Pathway Tools