农业财政专项资金的设立促进了农业和农村经济的发展，但是管理中也存在许多问题，主要表现在：
1.农业财政专项资金存在着“散”、“乱”、“小”、“重”的现象，
农业财政资金管理中的问题及建议
。“散”是指种类多，“乱”是指资金多头、交叉管理，“小”是指规模有大有小，“重”是指设置重复。2.中央、省两级安排农业财政专项资金多，而市、县、乡三级安排则很少。特别是经济欠发达地区，市、县、乡财力有限，既要保吃饭、保稳定，又要保运转，安排农业财政专项资金明显不足。
3.上级财政部门安排的农业财政专项资金项目资金下达较晚。多集中在三、四季度下拨，有的甚至集中在12月份下拨，造成了年内应完工的项目，因资金不到位拖至下一年度，影响了农业项目的实施。
4.挤占、挪用农业财政专项资金现象在部分地区经常发生。中央、省财政农业财政专项资金到达项目单位，层次较多，落实到项目上的时间较长，甚至部分地区经常发生挤占、挪用农业财政专项资金现象，被挤占、挪用的资金有些用于发工资，有些则用于平衡预算，使资金不能真正用于农业和农村经济发展上。
5.市、县对农业财政专项资金整合难。一是上级财政部门的农业财政专项资金是由一个部门或多个、甚至是一个部门不同处室安排的，资金使用要求各不相同，如果强行整合，将影响下一年度资金的争取;二是上级财政部门安排的农业财政专项资金都有明确的使用范围和用途，而且都有一套完整的管理办法，如果整合起来集中使用，纪检部门将视为挪用、挤占农业财政专项资金行为。
6.县级农业财政专项资金管理水平不高，
管理资料
《农业财政资金管理中的问题及建议》(https://www.unjs.com)。特别是当前基层从事农业财政工作的人员调动频繁，新手多、素质低，知识面不宽，管理水平低，管理手段落后。就上述存在的问题，建议如下：
1.建议上级财政部门根据“三农”工作的需要，按照“撤、并、转、增”的原则尽快对农业财政专项资金的结构进行调整，并简化农业财政专项资金的设置，减少资金设置项目，加大资金规模，集中资金办大事。同时，整合农业财政专项资金的管理部门，由财政部门的一个部门集中管理，克服“散”、“乱”、“小”、“重”的现象，发挥规模效益。
2.由于各地经济发展水平不一样，财力状况有明显差别，建议上级财政部门根据“分类指导、区别对待、重点扶持”的原则，制定相关农业财政专项资金管理办法。对经济条件较好的地区，给予政策支持，使他们通过市场吸引农业和农村发展资金;对经济欠发展的地区，在资金分配上给予重点倾斜，以促进经济欠发展的地区的农业和农村的发展。
3.建议上级财政部门对农业财政专项资金的项目安排、资金分配和拨付，应早谋划、早安排、早下拨，以适应农业生产季节性特点，尽可能发挥财政专项资金的使用效益。
4.建议上级财政部门结合“三农”工作需要和现有实际情况，自上而下地整合农业财政专项资金，经整合后再分配下达有关地区，以发挥资金的拳头作用，切实提高资金的使用效益。
5.因经济欠发展地区的财政十分困难，特别是乡镇财力有限，建议上级财政部门在安排农业财政项目和资金时，区别不同情况，对经济欠发展地区安排的项目，取消地方配套资金的规定。
6.建议上级财政部门建立严格的、可操作的农业财政专项资金监督检查制度。对农业财政专项资金进行事前、事中和事后全过程的监督管理。定期开展农业财政专项资金使用管理的专项检查，检查的形式应采取异地互查的方式，以避免自己查自己等于不查或查而不处现象的发生。对查出的问题应坚决按有关规定进行严肃处理。只有这样才能避免或杜绝挤占、挪用农业财政专项资金问题的发生，确保资金安全运行。