鉴于前述风险，在实施时，要按照相应的步骤，有计划地实施，
协同商务的实施步骤（1）
。(1)建立清楚、切实可行的市场目标;
(2)对企业管理层进行培训和“换脑”;
(3)进行流程再造;
(4)组织实施团队;
(5)投入自动化硬件设备;
(6)进行一体化设计
实施协同商务时，要注意两点：
第一，要注意协同商务的e-Business平台和既有的MRPⅡ、ERP系统的集成性，
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《协同商务的实施步骤（1）》(https://www.unjs.com)。只有将e-Business平台和ERP系统加以整合，才能使交易能够流畅的完成，充分发挥由协同商务系统所带来的效益。第二，不要全面铺开，先从内部开展协同工作，从研发部门开始协同设计，再在生产制造部门开展协同制造，然后在采购仓储部门开展协同采购作业;在内部协同合作完成后，再扩展到外部的合作开发者和供应商。协同商务在运作上会遇到许多以前没有遇到过的困难，如维持内部与外部合作者之间的协同与关系平衡、彼此间的技术平台相容问题等，都可能会使企业投入比原先更多的精力和时间。
虽然导入协同商务还有相当难度，但其潜力巨大，根据 GartnerGroup的研究调查，到2005年拥有协同商务能力的供应商和客户，与没有协同商务能力的企业竞争时将能够赢得超过8成的商机。所以协同商务对于企业未来生存和发展具有相当程度的重要性。而且电子商务交易集市(e-Marketplace)的未来发展方向也将是协同商务，它通过集成采购商、供应商、后勤作业以及金融服务商等，整合信息，可以提高整个商业价值链的整体运作效率。