橡胶HMGR蛋白的生物信息学分析与同源模建

橡胶HMGR蛋白的生物信息学分析与同源模建

利用生物信息学方法分析了橡胶HMGR蛋白的氨基酸组成、等电点、疏水/亲水区、二级结构等蛋白质性质,并同荔枝、拟南芥和水稻的蛋白进行了对比,并用生物信息学软件对其空间结构进行了模拟,同时对模建结果进行了结构质量的分析与检测.结果表明:该蛋白共有575个氨基酸,等电点为6.44,二级结构中α螺旋占45.91%,β折叠片占13.04%,无规卷曲占35.83%.三维结构检测表明,此模型的结构符合立体化学规则.此外,利用该模型预测了配体SIM和ADP在HMGR结构空间的近似位置,并定位了与SIM和ADP作用的相关残基.

作 者： 吴春太 李维国 高新生 张晓飞 WU Chuntai LI Weiguo GAO Xinsheng ZHANG Xiaofei   作者单位： 中国热带农业科学院橡胶研究所/国家橡胶树育种中心,海南儋州,571737  刊 名： 热带农业科学  英文刊名： CHINESE JOURNAL OF TROPICAL AGRICULTURE  年，卷(期)： 2009 29(10)  分类号： S794.1  关键词： 橡胶   HMGR蛋白   生物信息学   同源模建  

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