橡胶HMGR蛋白的生物信息学分析与同源模建
利用生物信息学方法分析了橡胶HMGR蛋白的氨基酸组成、等电点、疏水/亲水区、二级结构等蛋白质性质,并同荔枝、拟南芥和水稻的蛋白进行了对比,并用生物信息学软件对其空间结构进行了模拟,同时对模建结果进行了结构质量的分析与检测.结果表明:该蛋白共有575个氨基酸,等电点为6.44,二级结构中α螺旋占45.91%,β折叠片占13.04%,无规卷曲占35.83%.三维结构检测表明,此模型的结构符合立体化学规则.此外,利用该模型预测了配体SIM和ADP在HMGR结构空间的近似位置,并定位了与SIM和ADP作用的相关残基.
作 者: 吴春太 李维国 高新生 张晓飞 WU Chuntai LI Weiguo GAO Xinsheng ZHANG Xiaofei 作者单位: 中国热带农业科学院橡胶研究所/国家橡胶树育种中心,海南儋州,571737 刊 名: 热带农业科学 英文刊名: CHINESE JOURNAL OF TROPICAL AGRICULTURE 年,卷(期): 2009 29(10) 分类号: S794.1 关键词: 橡胶 HMGR蛋白 生物信息学 同源模建