仔猪12种致病菌的16 S rRNA分析

仔猪12种致病菌的16 S rRNA分析

研究仔猪12种致病菌的16 S rRNA基因序列,分析其亲缘关系,为设计其16 S rRNA基因的诊断探针提供理论依据.从美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因库中下载332条仔猪12种致病菌的16S rRNA基因序列,应用双序列比对和构建系统进化树的方法对这些序列进行种内分析,选出每种细菌的代表序列,再对代表序列用同法进行种间分析,并将种间分类结果与伯杰氏细菌分类手册(第8版)的分类结果进行比较.从每种细菌的数据库中选出一条接近16 S rRNA基因序列全长,与同种其他序列的核苷酸替代率差异较小的序列为该种细菌的代表序列,进行种间16 S rRNA基因序列系统进化分析,结果与伯杰氏细菌分类手册(第8版)的分类基本一致.该16 S rRNA基因的系统进化分析所提供的信息将用于下一步针对这12种致病菌的16 S rRNA基因诊断探针的设计.

作 者： 梁之昶 陈小玲 相磊 章振华 姚刚 杨兵   作者单位： 梁之昶(新疆农业大学动物医学院,新疆乌鲁木齐,830052;北京市农林科学院畜牧兽医研究所,北京,100097)

陈小玲,章振华,杨兵(北京市农林科学院畜牧兽医研究所,北京,100097)

相磊(江西农业大学动物医学院,江西南昌,330045)

姚刚(新疆农业大学动物医学院,新疆乌鲁木齐,830052) 

刊 名： 动物医学进展  PKU 英文刊名： PROGRESS IN VETERINARY MEDICINE  年，卷(期)： 2007 28(7)  分类号： Q789 S858.28  关键词： 16 S rRNA基因   致病菌   双序列比对   系统进化分析   仔猪