基于氨基酸组成分布的蛋白质同源寡聚体分类研究

基于氨基酸组成分布的蛋白质同源寡聚体分类研究

基于一种新的特征提取方法--氨基酸组成分布,使用支持向量机作为成员分类器,采用"一对一"的多类分类策略,从蛋白质一级序列对四类同源寡聚体进行分类研究.结果表明,在10-CV检验下,基于氨基酸组成分布,其总分类精度和精度指数分别达到了86.22%和67.12%,比基于氨基酸组成成分的传统特征提取方法分别提高了5.74和10.03个百分点,比二肽组成成分特征提取方法分别提高了3.12和5.63个百分点,说明氨基酸组成分布对于蛋白质同源寡聚体分类是一种非常有效的特征提取方法;将氨基酸组成分布和蛋白质序列长度特征组合,其总分类精度和精度指数分别达到了86.35%和67.23%,说明蛋白质序列长度特征含有一定的空间结构信息.

作 者： 施建宇 潘泉 张绍武 程咏梅 SHI Jian-yu PAN Quan ZHANG Shao-wu CHENG Yong-mei   作者单位： 施建宇,潘泉,程咏梅,SHI Jian-yu,PAN Quan,CHENG Yong-mei(西北工业大学自动化学院,西安,710072)

张绍武,ZHANG Shao-wu(西北工业大学自动化学院,西安,710072;西北工业大学生命科学院,西安,710072) 

刊 名： 生物物理学报  ISTIC PKU 英文刊名： ACTA BIOPHYSICA SINICA  年，卷(期)： 2006 22(1)  分类号： Q617  关键词： 氨基酸组成分布   二维主成分分析   支持向量机   同源寡聚体  

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