农业源普查对象为2899638个。其中：种植业38239个，畜禽养殖业1963624个，水产养殖业883891个，典型地区(指巢湖、太湖、滇池和三峡库区4个流域)农村生活源13884个。
农业污染源
农业源(不包括典型地区农村生活源，下同)中主要水污染物排放(流失)量：化学需氧量1324.09万吨，总氮270.46万吨，总磷28.47万吨，铜2452.09吨，锌4862.58吨。
种植业
1.主要污染物流失(排放)情况
种植业总氮流失量159.78万吨(其中：地表径流流失量32.01万吨，地下淋溶流失量20.74万吨，基础流失量107.03万吨)，总磷流失量10.87万吨。
种植业地膜残留量12.10万吨，地膜回收率80.3%。
2.重点流域排放情况
重点流域种植业主要水污染物流失量：总氮71.04万吨，总磷3.69万吨。
畜禽养殖业
1.主要污染物排放情况
畜禽养殖业主要水污染物排放量：化学需氧量1268.26万吨，总氮102.48万吨，总磷16.04万吨，铜2397.23吨，锌4756.94吨。
畜禽养殖业粪便产生量2.43亿吨，尿液产生量1.63亿吨。
2.重点流域排放情况
重点流域畜禽养殖业主要水污染物排放量：化学需氧量705.98万吨，总氮45.75万吨，总磷9.16万吨，铜980.03吨，锌2323.95吨。
水产养殖业
1.主要污染物排放情况
水产养殖业主要水污染物排放量：化学需氧量55.83万吨，总氮8.21万吨，总磷1.56万吨，铜54.85吨，锌105.63吨。
2.重点流域排放情况
重点流域水产养殖业主要水污染物排放量：化学需氧量12.67万吨，总氮2.15万吨，总磷0.41万吨，铜24.62吨，锌50.15吨。