原核表达中优化起始密码下游序列的软件设计与实现
在原核表达中影响外源基因表达效率的因素有很多,这其中翻译起始效率起了非常重要的作用.翻译起始效率又主要受SD序列、SD序列与起始密码子之间的间距、DB(Downstream Box)序列、mRNA翻译起始区(TIR)的二级结构和稀有密码子等因素的影响.主要针对DB序列和5′端稀有密码子的优化设计了软件.通过计算机对序列进行分析比对后,按照匹配碱基数、匹配位置、密码子使用频率平均值的顺序进行排序,给出一些优化序列,并给出了软件算法.
作 者： 许龙 李涛 周晓巍 黄培堂 XU Long LI Tao ZHOU Xiao-Wei HUANG Pei-Tang 作者单位： 许龙,周晓巍,黄培堂,XU Long,ZHOU Xiao-Wei,HUANG Pei-Tang(军事医学科学院生物工程研究所,北京,100071)李涛,LI Tao(军事医学科学院国家生物医学分析中心,北京,100850)
刊 名： 生物工程学报 ISTIC PKU 英文刊名： CHINESE JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY 年，卷(期)： 2006 22(6) 分类号： Q786 关键词： DB序列 16SrRNA 序列匹配性 基因表达 软件设计